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コナンと蘭・園子・小五郎は、バイクの祭典「神奈川モーターサイクルフェスティバル」が開催される横浜・みなとみらいに、バイク好きの世良真純と向かっていた。するとコナン達が乗った車の上を飛び越え現れた、暴走する謎の“黒いバイク”。そしてそれを追っていたのは、蘭がいつか見た「風の女神様」神奈川県警交通機動隊の萩原千速だった。しかし激しいカーチェイスの末、千速のバイクは大破し、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。その後、コナン達が横浜のフェス会場に到着すると、ある最新技術を搭載した白バイ「エンジェル」のお披露目が行われていた。そんな中、暴走した“黒いバイク”が今度は都内に出現し、警視庁の追跡をも振り切ったという情報が。目的不明な暴走だが、その車体が「エンジェル」に酷似していること分かり、黒いエンジェル―…「ルシファー」と呼び、追跡を続ける。犯人の正体、そしてその目的とはいったい何なのか。そしてなぜか千速の脳裏によぎる、弟の萩原研二とその同期・松田陣平との記憶…。
