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1980年に公開された劇場映画第3作『ヤマトよ永遠に』を原作に新解釈を加えて再構成したリメイクシリーズ。 時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年。突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。もはや地球には抗う術はないのか。そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。この宇宙を凍えさせるもの「ウラリアの魔女」との対決の刻が迫る。“魔女”の正体─暗黒の宇宙に潜む中間補給基地ディガブラス。デザリアムと「ウラリアの魔女」との関係とはなにか？“冷えた宇宙”という絶対的劣勢のなか、波動砲すら無効化する巨大要塞に、ヤマトとガルマン・ガミラスの連合艦隊は苦戦を強いられる。そのさなか、再び古代の前に姿を現すアルフォン。雪という縁に導かれながらも、異なる未来を信じ、相容れぬふたりが目撃する、ディガブラスの真実とは！？一方、マザー・デザリアムの術中に陥った地球では、人々が自らの意思で“デザリアム化”を受け入れつつある。もはや、一刻の猶予もない。すべての謎の答えを求めて。未知なる空間に飛び込んだヤマトを、衝撃の結末が待ち受ける！
