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2000年、ある田舎町の夏の日。小学生の祐介(遠藤雄弥)と岬(鈴木杏)たちは、森の中で小さなロボット「テトラ」と出会う。高度な知能を持つテトラはどこから来たのか。
タイムマシンを研究する天才物理学者・神崎(香取慎吾)と共にテトラの秘密を探る祐介たち。そのころ地球上空10万キロメートルの彼方に謎のエイリアン・ボイド人の巨大宇宙船団が地球の海を狙って停泊していた。刻々と迫りくる地球の危機。地球を守るため、そしてボイド人にさらわれた岬を守るため、祐介はテトラが作った戦闘型ロボット・ガンゲリオンにありったけの勇気を持って乗り込んだ。果たして地球を守られるのか？そして岬の命は？20世紀最後の冒険は、少年たちの想像を超え、遠い未来へとつながっていく。
