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前作のラストシーンで、タイムマシンのデロリアンが落雷に打たれ、ドクは1885年に飛ばされてしまった。しかし、そのドクがマーティに送られるように手配していた手紙の指示通り、マーティはPART1のラストで別れたばかりの1955年のドクと再会。1985年に帰るために鉱山に封印されたデロリアンを掘り起こす。だが、マーティは鉱山付近の墓地で“エメット・ブラウン”の名が彫られた墓石を偶然発見し、手紙を書いた約一週間後に、ドクがビフの祖先であるビュフォード・タネンに銃殺されるのを知ってしまうのだった.....。
