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C.E.(コズミック・イラ)。遺伝子を調整し、生まれながらにして優れた身体能力や頭脳を持つ人類(コーディネイター)と自然のままに生まれた人類 (ナチュラル)が存在する時代。「機動戦士ガンダム SEED シリーズ」は、 この C.E.を舞台にコーディネイターとナチュラルの間の戦いを描いた作品。
『機動戦士ガンダムSEED』（2002～2003年）、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』（2004～2005年）がTVアニメーションとして放送された。
本作では、Blu-rayにも収録される約500カット以上がアップデートされた映像に加え、エピローグカットが追加された。
C.E.75、戦いはまだ続いていた。デュランダル議長の死により、デスティニープランは消滅したが、同時に大戦終結後の世界を安定させる指標は失われた。各地で独立運動が起こり、ブルーコスモスによる侵攻はくり返され、人々はさらなる戦乱と不安の最中にあった。
事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする世界平和監視機構・コンパスが創設され、キラたちはその一員として、各地の戦闘に介入する。そんな折、ユーラシア連邦からの独立を果たした国・ファウンデーション王国から要請があった。ブルーコスモス本拠地へのコンパス出動を求めるものだ。要請を受け、キラたちはラクスを伴い、ファウンデーション王国へ向かう。
