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宇宙世紀0093年、行方不明となっていたシャア・アズナブルはネオ・ジオンを再興し、地球連邦政府に宣戦を布告した。隕石落としを実行に移したネオ・ジオン軍に対して、ブライト・ノアが指揮するロンド・ベル隊は孤立無援の戦いを強いられる。そこには、シャアのライバルであるアムロ・レイの姿があった。しかし、彼らの善戦も空しく、５thルナは地球へ落下していく。
シャアの動向に脅威を感じたアムロは、サイコフレームを組み込んだMS、νガンダムを受け取るため、開発主任のチェーン・アギが待つ月へと向かった。
