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ある工業地帯にぞろぞろと怪獣が出現!? ゲント隊長率いる特殊怪獣対応分遣隊SKaRDが迎え撃つが、倒しても倒しても次々に襲い来る怪獣たち。この地帯に工場を持ち、怪獣の残骸の処理や研究を行う先進化学企業・ネクロマス社に何らかの関係があると考えた SKaRD は、最高経営責任者で世界有数の化学研究者でもあるマブセ博士のもとへ急行。ネクロマス社の研究所では生命の根源にも関わる「不老不死」を実現できる物質「ダムドキシン」を開発しており、完成間近だという。そんな中、突然「宇宙の覇者」と名乗る謎の「ダムノー星人」が出現！破壊されたタンクから溢れ出した「ダムドキシン」が研究所のサンプルを飲み込み、恐ろしく巨大な「妖骸魔獣ゴンギルガン」が生み出されてしまう。いま、日本の首都を舞台に、ウルトラマンブレーザー&SKaRDと大怪獣との壮絶な大激突の幕が切って落とされる！
