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西暦2205年。歴史改変を目論む「歴史(れきし)修正(しゅうせい)主義者(しゅぎしゃ) 」が過去への攻撃を開始した。対峙する時の政府は歴史の守りとして「審(さ)神者(にわ) 」なる者を過去へと派遣する。物の心を励起(れいき)する審神者の力によって生み出された、刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士(とうけんだんし) 」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。本丸にも、今や多くの仲間たちが増えていた。ある日、永禄八年永禄の変へ出陣する刀剣男士たち。戦国の世では、室町幕府第十三代・征夷大将軍足利義輝が三好義重・松永久通らの手によって最期の時を迎えようとしていた。一方、刀剣男士たちの歴史を守る戦いは激化の一途をたどっていた。出陣に次ぐ出陣。終わりの見えぬ戦い。本丸の仲間も増えたとはいえ、刀剣男士たちは徐々に疲弊を色濃くしていく。山姥切国広はとある出陣先で、《正体不明の敵》と出会う。それはあらゆる時代に現れ、まるで刀剣男士と対等に戦うチカラを得るために経験を積み重ねているように思えた。
「ぼくは......よしてるさまを......しなせやしない......」
その敵と対峙した三日月宗近が取った行動とは―――――――
